S’agissant des CPTS, l’ordonnance prévoit, "au terme d’une période transitoire d’un an", l’obligation de se constituer sous une forme associative. Elle leur permet également "d’opérer des versements d'indemnités et de rémunérations au profit de leurs membres, notamment afin de compenser la perte de ressources entraînées pour les membres par les fonctions qu'ils exercent au sein de la CPTS ou par leur participation à la mise en œuvre de ses missions, et ceci dans des conditions et sous un plafond annuel qui seront fixées par décret, en même temps que les modalités de fonctionnement des CTPS".
L’ordonnance précise également les différentes missions de service public qui doivent être assurées par les CPTS : amélioration de l'accès aux soins, organisation des parcours de soins associant plusieurs professionnels de santé, développement des actions territoriales de prévention, développement de la qualité et de la pertinence des soins, accompagnement des professionnels de santé sur leur territoire et participation à la réponse aux crises sanitaires. Ces structures bénéficient "d’aides spécifiques de l’État ou de la Caisse nationale d’assurance maladie" afin de compenser les charges correspondant à ces missions, dans le cadre d’une convention signée par la CPTS avec l’ARS et la CPAM et dont "le contenu et la durée sont renvoyés à un décret en Conseil d'État comme les modalités de compensation".
Le texte accorde aussi aux CPTS dont le projet de santé est validé par le directeur général de l’ARS, "une exonération d'impôt sur les sociétés et de cotisation foncière des entreprises à raison de leurs missions de service public".