Cinquante-quatre ans plus tard, plusieurs arguments sont avancés pour remettre en cause cette approche conventionnelle. L'ouverture du secteur 2 en 1980 a limité le niveau de remboursement pour les patients, à moins qu'ils soient assurés auprès de chères complémentaires. La baisse du nombre de syndiqués chez les professionnels de santé ainsi que leur faible participation aux votes pour leurs représentants aux unions professionnelles ont relativisé leur représentativité lors des signatures de convention. L'évolution de l'exercice en solo vers un exercice en équipe pluriprofessionnelle pose la question de la logique d'une représentation monoprofessionnelle.
Les postures des syndicats médicaux se sont montrés réticents, voire au début franchement opposés, aux avancées récentes de l'exercice, que ce soit le Capi devenu Rosp ou l'ENMR devenu ACI des MSP, ces deux avancées ayant dû attendre des années avant d'intégrer le domaine conventionnel. On peut ajouter les expérimentations de l'article 51 qui apportent des avancées remarquables dans notre système, mais qui sont apparues en dehors du système conventionnel, et voient une opposition syndicale à leur intégration dans la convention quand il s'agit d'Ipep ou de Peps. Bref, beaucoup de points sont à charge contre le système conventionnel.
Le souci vient en partie du fait que les avancées organisationnelles dans le monde de la santé sont le plus souvent venues d'une discussion et d'une construction entre Assurance maladie et quelques innovateurs du monde des professionnels de la santé, sous l'oeil du ministère. Cette manière remet clairement en cause la voie conventionnelle qui, de son côté, est menée par des syndicats professionnels cherchant les voix de leurs électeurs, adoptant donc des postures flattant la majorité, qui est connue pour être opposée au changement.